El programa de monitoreo de manatí se planificó en los inicios del proyecto “Archipiélagos del Sur” para su realización en seis áreas del país que incluyen siete áreas protegidas con diferentes categorías de conservación. Se seleccionaron las áreas con importante incidencia de la especie y con personal que presentase conocimientos básicos sobre su monitoreo. Los objetivos fundamentales de este programa de monitoreo son:

• Estimar la ocurrencia relativa de la especie en áreas protegidas cubanas.
• Describir el tamaño de los grupos y la conducta de los animales en las áreas.
• Describir los hábitats claves para la especie.
• Determinar el grado de amenaza potencial existente en dichas áreas.
• Evaluar los eventos de mortalidad que se registren en el país.
• Promover la colecta de muestras para investigaciones biológicas de la especie en el país.