El programa de monitoreo de cocodrilos, se desarrolla en cuatro áreas protegidas de la costa Sur de Cuba: Parque Nacional Guanahacabibes, Parque Nacional Ciénaga de Zapata, Refugio de Fauna Macurijes – Santa María y Refugio de Fauna Delta del Cauto. Consta de dos objetivos generales: estimar la densidad de las poblaciones para poder comparar entre áreas el comportamiento de las mismas en diferentes hábitat y monitorear cambios poblacionales e identificar causas de decline de las poblaciones, aspecto de importante valor para el manejo ex situ.